Moesgaard Museum har det arkæologiske ansvar for lokalområdet omkring Aarhus og har samtidig status af specialmuseum, hvilket vil sige, at arkæologerne på museet også varetager arkæologisk forskning i ind- og udland.

Samarbejde med AU
Museet samarbejder med Aarhus Universitet om forskning og undervisning i fagområderne: Forhistorisk arkæologi, middelalderarkæologi, antropologi, orientalske studier med flere. Undervisningen foregår i vid udstrækning på herregården Moesgård, hvor museet også tidligere havde udstillinger for publikum.

Museet har sin egen afdeling for konservering og naturvidenskab, som også løser specialopgaver for andre museer.

I museets udstillingsbygning, der åbnede i 2014, giver de faste udstillinger nye vinkler på fortiden og fortidens mennesker samt antropologisk udsyn til alverdens folkeslag. Derudover viser museet skiftende særudstillinger, som præsenterer verdens mest spektakulære kulturarv. 

Afdelinger under Moesgaard Museum
Odder Museum, Samsø Museum og Vikingemuseet er afdelinger under Moesgaard Museum. På Odder Museum og Samsø Museum vises udstillinger om nyere tid og arkæologi. På Vikingemuseet i Aarhus udstilles fund fra Vikingetidens Aros, som er gjort på stedet under den nuværende Nordea Bank på Sct. Clements Torv.

Hendes Majestæt Dronning Margrethe II er protektor for Moesgaard Museum.